Des scientifiques découvrent des traces d'une espèce inconnue disparue dans l'ADN humain

Une équipe internationale de chercheurs a découvert des traces génétiques appartenant à une espèce d'hominidé ancienne, jusqu'alors inconnue de la science, dans le génome humain moderne. Selon une étude publiée dans la revue Science, cette découverte a été rendue possible grâce au nouvel algorithme TRACE, qui ne nécessite pas d'échantillons d'ADN issus de fossiles. Cette approche montre que l'histoire de l'évolution humaine a été un processus complexe au cours duquel différentes espèces se sont croisées à plusieurs reprises sur des millénaires. C'est ce que rapporte Ixbt.com en informe.

Actuellement, le principal problème de la paléogénétique réside dans la rareté des échantillons anciens. Dans des climats chauds ou pour des organismes ayant vécu il y a plus d'un million d'années, il est impossible de préserver l'ADN. Par conséquent, les régions et les populations où aucun échantillon fossile n'avait été trouvé auparavant restaient inaccessibles aux chercheurs. La méthode TRACE, nouvellement développée, ne compare pas les génomes modernes à des échantillons préexistants dans des bases de données, mais reconstruit des arbres évolutifs — des graphes de recombinaison ancestrale — qui suivent le processus d'hérédité de chaque fragment d'ADN sur des centaines de milliers d'années.

Selon ixbt.com, lorsque cet algorithme logiciel a été testé à l'aide de simulations, il a affiché une précision d'environ 90 %, maintenant le risque d'erreur en dessous de 0,25 %. Ensuite, les chercheurs l'ont appliqué aux données du projet « 1000 Genomes », qui couvre des populations d'Afrique, d'Europe, d'Asie et d'Océanie. En conséquence, l'algorithme a non seulement identifié des gènes de Néandertaliens et de Denisoviens déjà connus, mais a également trouvé un nouveau mélange « fantôme » qui ne correspond à aucun groupe connu.

Les secrets de la population inconnue

Il s'avère que cette mystérieuse composante génétique est présente dans le génome de tous les êtres humains sur Terre — tant les Africains que les représentants d'autres continents — à des proportions variant de 0,5 % à 1,1 %. Le fait que ces fragments soient plus courts que l'ADN de Néandertal témoigne de l'ancienneté du phénomène. Les analyses statistiques ont montré que les ancêtres de ce groupe ont divergé des humains modernes il y a environ 830 000 ans, et que leur processus de croisement a eu lieu avant la sortie de l'humanité d'Afrique.

L'étude a également fourni des conclusions importantes concernant le paysage génétique. Selon la carte TRACE, l'ADN ancien recouvre plus de 70 % du génome humain. Fait intéressant, ces traces « fantômes » ont également été trouvées dans des « déserts génétiques » que l'on croyait auparavant nettoyés des gènes de Néandertal et de Denisova. Par exemple, sur le chromosome 7, où se trouve le gène FOXP2 lié au processus de la parole, la fréquence de ce mélange atteint 13,3 %. Cela signifie que la sélection naturelle n'a pas agi contre tous les gènes anciens, mais uniquement contre certaines lignées transportant une charge génétique délétère.

Une hérédité ultra-ancienne transmise par des intermédiaires

Une autre couche de l'étude a été détectée dans le génome des populations d'Océanie — des citoyens de Papouasie-Nouvelle-Guinée, du Vanuatu et des îles Santa Cruz. TRACE a mis en évidence des segments nichés à l'intérieur de l'ADN des Denisoviens et montrant une divergence extrêmement profonde. Les experts expliquent cela comme une introgression « ultra-ancienne », c'est-à-dire que les Denisoviens eux-mêmes se sont croisés avec une population encore plus ancienne et ont ensuite transmis ces gènes aux humains modernes.

La date de divergence de cette lignée remonte à environ 1,77 million d'années, et les scientifiques désignent Homo erectus comme le candidat le plus probable à cet égard. Pour l'instant, il n'y a pas de preuves matérielles directes pour cela, mais la nouvelle méthode de calcul fournit pour la première fois une estimation quantitative précise qui ne dépend pas de la conservation des fossiles. L'archéologie génomique basée sur les ordinateurs et les algorithmes devient l'unique moyen d'ouvrir les secrets d'un passé vieux d'un million d'années.